Der Vollständigkeit halber: aus Sicht von HBCI4Java ist tatsächlich die KARTE das entscheidende Merkmal. Das heißt, sämtliche Daten wie Nutzerkennungen, Schlüssel etc. werden nur von der Karte verwendet (und nicht nochmal irgendwoanders gespeichert).
Für jede einzelne Karte (die anhand ihrer eindeutigen Kartennummer identifziert wird) gibt es noch ein zusätzliches "Passport-File", in welchem ein paar Informationen stehen, die man nicht bei jedem Programmstart neu von der Bank abholen will. Dabei handelt es sich teilweise auch um Benutzer-spezifische Daten (z.B. welche Geschäftsvorfälle dieser Nutzer ausführen darf, welche Limits dabei zu beachten sind usw.).
Kurzum: Sobald Du eine Deiner Karten verwendest, ist für HBCI4Java und Hibiscus völlig klar, welcher User da gerade am werkeln ist. Wenn Du bei dieser Konstellation für beide Benutzer das gleiche Homeverzeichnis verwendest, bedeutet dass nur, dass diese "Passport-Files" für beide Karten im selben Verzeichnis gespeichert werden (aber mit unterschiedlichen Dateinamen), und dass z.B. abgeholte Kontoauszüge etc. in der selben Datenbank landen... Also genau das was Du willst
Grüße
-stefan-