Hallo,
wenn Du Dich nicht vor Java fürchtest, dann
http://hbci4java.kapott.org...
Das ist eigentlich ein Framework für die Entwicklung eigener HBCI-Anwendungen, es sind aber auch bereits einige Kommandozeilentools dabei, die auf HBCI4Java basieren. Das Tool
"HBCIBatch" wäre dann das Tool Deiner Wahl...
Grüße
-Stefan-