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Wo wird das alte Zertifikat gespeichert?
Na dort, wo auch das bisherige gespeichert ist.
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Wie kann ich es löschen und durch das neue ersetzen lassen?
Ich nehme an, dass das bisherige Zertifikat von einer CA signiert war, die im Stammzertifikatesspeicher von Java enthalten ist. Das neue ist das vermutlich nicht mehr. Also muesstest du das neue Server-Zertifikat (oder das zugehoerige CA-Zertifikat) in den Java-Kestore importieren.