da stimmt der Titel ja mal überhaupt nicht ^^ als ob das Update deine Konten verdoppelt hätte
dass warst du ja mit dem aus HBCI-Konfig laden, und klar dass neue Konten keine Umsätze haben ^^
und um mit einem Konto SEPA machen zu können sollten da auch dementsprechende Daten eingetragen sein (war glaube ich in schon ein paar anderen Threads)
also einfach mal das betroffene Konto öffnen und dort auch IBAN und BIC eintragen, aber dass wird dir ja eh meist automatisch eingetragen wenn man das Konto öffnet

nur speichern musst du halt noch selbst