Schwer hier allgemein gültige Ratschläge zu geben, jeder hat's halt gerne anders. Ich schreib' mal ein paar Gedanken dazu:
1. Überleg' erstmal ob Du alle Konten in einer Kontenmappe haben willst oder z.B. eine Mappe für Dein Mietshaus und eine Mappe für deine Privatkonten. Für beides gibt es gute Argumente. Ich hab' alles in einer Mappe.
2. Anschließend geht's an das Einrichten der Bankkontakte und Konten.
3. Dann solltest Du Dir Gedanken über die Kategorien machen (Wenn Dir die Auswertung wichtig ist bzw. wenn Du automatische Umsatzsteuerberechnung inkl. Elster benötigst).
4. Automatische Regeln zur Kategorisierung bzw. Setzen von anderen Buchungsmerkmalen (Gegenkonto, Mehrwertsteuer, usw.) entwickeln sich meist mit der Zeit, wenn man merkt, welche Buchungen mit welchen Merkmalen so reinkommen.
5. Filter & Reports kannst Du dann nach Bedarf anlegen.
6. Vorlagen für Überweisungen kannst Du auch dann erstellen, wenn Du merkst, da bräuchtest Du jetzt eine, weil die Überweisung öfters vorkommt. Das geht direkt aus einem Überweisungsdialog heraus. Oder Du lässt das mit den Vorlagen und verwendest einfach die Autovervollständigung beim Anlegen von Überweisungen. So mach' ich das meistens, ich habe relativ wenig Vorlagen.
schönen Gruß
Christian