Das hatte mich bei Deinem letzten Post, von wegen die Bank stellt das zur Verfügung, unterschwellig schon gewundert.
Laut Website des Herstellers gibt es WinData nur für Windows. Naheliegend...
Auf Bankseite scheint man Dein Problem "soll mit Linux laufen" nicht zu begreifen.
Ich sehe hier als einzigen Ausweg, dass Du durchaus jVerein nutzen kannst, aber halt mit "halbautomatischer" Datenübertragung. Soll heißen, Zahlungsdaten werden als SEPA.XML exportiert und dann über dieses Netbanking (Web-Banking) hochgeladen, Umsätze werden als MT940-Datei über das WebBanking runtergeladen und dann in JVerein importiert. Bei nur einem Konto dürfe das machbar sein.