Ja, natürlich das geht. Das Sicherheitsverfahren hängt am jeweiligen Bankkontakt bzw. Bankzugang. Wenn Du also Konto#1 bei Bank A mit Benutzerkennung B hast, kannst Du den Zugang z.B. zur Nutzung mit FinTS-Karten einrichten und Konto#2 bei Bank B mit PIN/TAN und einem Sicherheitsmedium. Vorausgesetzt jeweils, deine Bank unterstützt das.
Einfach mittels "Neu/Bankkontakt" die jeweiligen Bankkontakte anlegen und gegebenenfalls die Konten in der Kontenmappe anlegen lassen bzw. verknüpfen.
ciao
Christian