1) Klar wäre das einfacher gegangen. Wenn Du "alle Konten" abrufst, dann ist das der sogenannte "Rundruf". Dieser ist aber nicht fix über alle Konten sondern es ist einstellbar, welche Konten dabei abgerufen werden sollen. Es könnte ja auch sein, dass man Konten hat, die nicht jedes Mal abgerufen werden sollen. Die Einstellung, ob ein Konto in den Rundruf einbezogen werden soll oder nicht findest Du in den "Kontoeinstellungen" im Kontextmenü des jeweiligen Kontos in der linken Leiste. Einfach linke Maustaste darauf und dann Kontoeinstellungen. Dort gibt es die Lasche "Rundruf", in der einstelbar ist, ob überhaupt und wenn ja was genau im Rundruf durchgeführt werden soll. Hier den Haken für den Rundruf raus und der Spuk mit den Meldungen hat ein Ende. Wenn es das Konto bei der Bank garnicht mehr gibt, dann würde ich noch einen Schritt weiter gehen und an selber Stelle in der Lasche "Onlinebanking" die Verkettung zu dem Bankzugang rausnehmen und auf "Kein Onlinebanking" setzen. Dann ist das Konto ab sofort ein Offlinekonto, was es in Wirklichkeit ja auch ist. Wenn es unter dem gleichen Bankzugang weitere nicht aufgelöste Konten gibt sind wir hier fertig. Wenn das aufgelöste Konto das Einzige mit diesen Zugangsdaten war, dann würde ich auch noch den toten Bankzugang löschen, denn die Zugangsdaten sind dann ja auch bankseitig gelöscht worden und zu nix mehr nütze.
2) Wenn Du den Tresor auf Betriebssystemebene kopiert hast, dann ist das natürlich eine 1:1 Kopie und die ist genau so groß. Du solltest stattdessen die Funktion Kopieren aus dem Kontextmenü der Tresorauswahl benutzen. Dabei wird vom Programm der alte Tresor gelesen und ein neuer geschrieben. Dabei werden wohl gelöschte Inhalte nicht übernommen und die kopierte neue Datei wird entsprechend kleiner.