Hintergrund ist, daß das Programm in der portablen Version nach so einem Standard für so eine USB-Stick-Verwaltung geht, und dem nach haben Nutzerdokumente - und das sind die Tresore - halt in dem Documents-Ordner zu sein.
Unter
https://subsembly.uservoice.com hat der Hersteller allerdings ein Wünsch-Dir-Was-Programm aufgelegt, in dem Du Deinen Vorschlag einreichen könntest. Wenn genügend Zustimmungen von anderen Nutzern kommen, vielleicht ändert er das dann ja.