Die von dir geposteten Log-Meldungen stehen damit nicht in Zusammenhang. Allerdings entnehme ich denen, dass du unter Datei->Einstellungen->Zertifikate die Zertifikate fuer das Online-Update manuell geloescht hast. Das bewirkt, dass du beim Installieren von Plugins per Online-Update dann jedesmal gefragt wirst, ob du dem Zertifikat vertrauen willst. Hat mit dem Kartenleser-Problem aber wie gesagt nichts zu tun.
Zum eigentlichen Problem: Wenn es zu einem abrupten Crash der Anwendung kommt (das Programmfenster also augenblicklich verschwindet), dann kam es zu einem Fehler in nativem Code ausserhalb der Java-VM. Solche koennen vom Programm nicht gefangen werden, da hierbei die Java VM selbst abstuerzt und die darin laufende Anwendung (in dem Fall Jameica) mit sich reisst. Daher findest du in dem Fall auch keine Informationen im Log. Denn die Anwendung kommt ueberhaupt nicht dazu, noch irgendwas in das Log zu schreiben, da ihre komplette Laufzeitumgebung wegbricht. Du koenntest zwar in deinem Benutzer-Ordner nach dem Crash-Dump der VM suchen (da muesste eine oder mehrere Dateien mit dem Namen "hs_err_<zahl>.log" liegen. Dort drin steht dann, welche Threads zu dem Zeitpunkt gerade liefen und wo im nativen Code es zu dem Fehler kam. In der Regel hilft das Log aber nicht wirklich weiter, weil man an der Ursache des Problem nichts aendern kann.
Zu Fehlern in nativem Code kann es bei der Verwendung von Kartenlesern leider kommen, da hierbei halt direkt auf die Hardware-Treiber zugegriffen wird. Allerdings geschieht das nur, wenn man den Kartenleser per CTAPI verwendet. Denn in dem Fall greift HBCI4Java selbst direkt per JNI auf den Treiber zu. Java hat inzwischen aber auch eine integrierte Kartenleser-Unterstuetzung. Die laeuft nicht ueber den Standard "CTAPI" sondern ueber den neueren Standard "PC/SC". Hibiscus enthaelt diese Unterstuetzung ebenfalls.
Heisst: Loesche mal deine Kartenleser-Config und lege sie anschliessend manuell neu an. Verwende als Kartenleser-Typ "PC/SC-Kartenleser (Kobil, ReinerSCT und andere)". Hierbei wird dann nicht mehr die CTAPI verwendet sondern "PC/SC". Mit etwas Glueck geht es damit.