CSV kann - wie schon unzählige Male geschrieben - nicht funktionieren, weil CSV kein bestimmtes Format ist sondern nur eine Art von Dateiaufbau.
MT940 ist der richtige Weg. Einfach die Daten importieren, dann die Umsätze des letzten Buchungstages LÖSCHEN und dann neu vom Bankrechner einlesen. Dabei werden vom aktuellen Saldo aus rückwärts anhand der Buchungen alle Tagessalden neu errechnet, dann stimmen diese. Es sei denn, es fehlen irgendwelche Buchungen schon beim Export, dann kann der Saldo natürlich nicht richtig errechnet werden...