Ok, dann würde ich sagen ist in der Datenbank die Saldentabelle defekt. Datensicherung über die Hotline an die Entwicklung. Die können solche Dinge korrigieren.
Zum Hintergrund: die Funktion fehlende Buchungen ermitteln, vergleicht simpel den Tagesendsaldo des Vortags mit dem Anfangssaldo des aktellen Tag. stimmen die nicht überein fehlt etwas. Bei den Sparkassen und dem MT940 war (oder ist) das so, dass die den Anfgssaldo vermutlich gemeinsam mit dem Endsaldo des Vortags erzeugt haben aber aus irgendwelchen kreativen Überlegungen herraus, auch das Datum vom Vortag als Buchungsdatum genommen haben (also den Tag an dem die Buchung erzeugt wurde). Das erkennt die VRNWS automatisch und würde die Option anbieten den Anfangssaldo zu ignorieren. Lehnt man das ab, passiert genau das was Du beschreibst. Oder eben, wenn die Saldentabelle beschädigt ist.
Viele Grüße
Holger