Ok, dein Hinweis, dass Hibiscus die normalen Boardwerkzeuge nutzt, hat mich auf die richtige Spur gebracht. Hibiscus schaut in die Datei ~/.config/mimeapps.list – dort stand bei mir kein Eintrag zu PDF. Kubuntu konnte trotzdem alle PDFs mit Okular öffnen – sowohl aus Krusader heraus, als auch aus Dolphin. Beide müssen also noch eine andere Quelle nutzen, um zu erfahren, wie eine Datei geöffnet werden soll.
Jedenfalls habe ich einfach noch einmal ein PDF mittels „Öffnen mit...“ geöffnet, und explizit Okular ausgewählt, und angehakt, dass PDFs in Zukunft immer mit Okular geöffnet werden sollen. Und diese Aktion wiederum resultierte in einem neuen Eintrag application/pdf=org.kde.okular.desktop; in die obige Datei, und ab sofort klappt auch das Öffnen aus Hibiscus heraus wunderbar.
Famos! Danke für deine Hilfe, und die viele Arbeit, die du bisher in dieses Programm gesteckt hast!