Inzwischen habe ich es herausgefunden. War recht aufwändig!
0. Backup der Datenbank
1. Pecunia starten
2. Löschen der alten Bankkennung
3. Anlegen der neuen Bankkennung
4. Anlegen eines neuen Kontos mit der alten Kontonummer unter der neuen Bankkennung
5. Zusammenführen der Umsätze (Quelle: Altes Konto, Ziel: Neues Konto)
6. Löschen aller Konten unter der alten Bankkennung
7. Bankkennung synchronisieren (PIN + TAN wird abgefragt)
8. Umsätze abholen sollte nun funktionieren, aber es kommen noch Fehlermeldungen, die IMHO ignoriert werden können
9. Pecunia beenden
10. Pecunia erneut starten. Ab jetzt sollten auch keine Fehlermeldungen mehr kommen
11. das neu angelegte Konto kann nun auch umbenannt werden
12. Backup der Datenbank