Ich weiß zwar, dass diese Reader gleichzeitig mehrere Finanzprogramme untersützen. Aber klappt es zum Test auch, Starmoney und ALF Banking mit dem gleichen Konto einzurichten?

Kommt drauf an, was genau Du einrichten willst. Welche Bank? Welches Verfahren? HBCI-Chipkarte oder chipTAN?

eigentlich sollte das problemlos sein - Starmoney verwendet einen eigenen HBCI-Kernel und auch eine eigene Datenbank, das sollte sich mit Alf nicht in die Quere kommen. Gleichzeitig wird es natürlich nicht funktionieren.
Man sollte sich aber auch beim Testen über folgendes klar sein: Wenn du Programm A etwas buchst, dann fehlt dies der Historie von Programm B und umgekehrt.

Spätestens beim Umsatzabruf sollte die Buchung aber in beiden Programmen zu sehen sein.

nicht, wenn du Sammler buchst ohne Auflösung, wie batchbooking...