AqBanking enthält mehrere einzelne Bestandteile, sogenannte "frontends". Eines davon, genannt "g2banking" (g2 für gtk2), benötigt das GUI-Programm "glade" in der Version 2.x, meistens als Programm "glade-2" installiert. Ist das bei dir vorhanden? Wenn ja, dann setze die Environment-Variable GLADE2 auf den vollen Pfad, also z.B.
export GLADE2=/opt/gnome/bin/glade-2
und dann erneut kompilieren. Alternativ wie auf
http://linuxwiki.de/AqBanking beschrieben mit dem Argument --with-frontends="..." nur einen Teil der frontends auswählen und dabei g2banking weglassen.
cstim