Manche Banken melden in der Saldenabfrage dann auch den Saldo der vorgemerkten Überweisungen mit. Ist zumindest bei mir (20070024) zuverlässig der Fall und gnucash zeigt das dann auch an.
Ansonsten bleibt immer die Möglichkeit, die Logdateien von aqbanking per Hand zu durchsuchen, also in ~/.banking/logs (oder so) nach jenem Log zu suchen, wo die Überweisung abgeschickt wurde (Tipp: Überweisung hat das HBCI-Kürzel HKUEB, also "grep HKUEB *20060131*") und dann kann man sehen, ob die Bank mit 0010 oder 0020 antwortet (beides bedeutet, dass der Auftrag korrekt angenommen wurde) oder eben mit einer 9000-irgendwas Fehlermeldung abgelehnt hat.