Das liegt aber nicht daran, dass die Menüeinträge in gnucash auf die Pakete reagieren würden, sondern nur daran, dass du gnucash (genauer: das hbci-Modul von gnucash) gegen ein älteres aqbanking compiliert hast, und wenn du nun das aqbanking austauschst, ist das hbci-Modul von gnucash nicht mehr lauffähig. Es ist dann auch nicht nur der Menüeintrag vom Einrichtungsassistent weg, sondern alle HBCI-bezogenen Menüeinträge und auf dem Terminal gibt's wahrscheinlich auch eine Warnmeldung "could not load libgncmod-hbci"
Abhilfe: gnucash mit --enable-hbci und gegen das neue aqbanking neu compilieren.