Alle größeren Programme, die programmierbare Import- und Export bieten, sollten das können.
Wichtig wären noch die Angaben:
Welche Banken sollen über welchen Zugangang (FTAM?, HBCI?) angesprochen werden und um welche Datenmengen handelt es sich (100 Buchungen oder eher 1000 pro Tag)? Soll das Programm netzwerkfähig sein?
und: Ist das Banking-Programm nur für euch gedacht oder wollt ihr damit eure Kunden beglücken, falls ihr eure Webanwendung auch für andere programmiert? In letzterem Fall kann ich euch empfehlen, dass ihr eurer Webanwendung Standardschnittstellen beibringt, für Buchungen also DTA-Export (Buchungsdateien) und für den Import der Umsatzinfos MT940. Dann seid ihr flexibel und könnt die Pflege den Kunden selbst überlassen.
Ansonsten würde als VR-Banker natürlich Profi cash empfehlen, aber das hängt eher von eurer Hausbankverbindung ab.
Gruß
Raimund