Du hast also zwei unterschiedliche aqbanking-Bibliotheken im System? Das geht schief; da muss schon vorher die alte gelöscht werden, bevor die neue verwendet wird.
Gnucash mit HBCI auf Ubuntu und Debian:
http://wiki.gnucash.org/wiki/Debian
Kontrolle, welche aqbanking libraries vorhanden sind:
/sbin/ldconfig -p | grep libaqbanking
Im Zweifelsfall alle löschen (apt-get remove libaqbanking), dann diese neu installieren.