Hallo Enrico,
gibt es nicht irgendwo ein Log dazu? Der Server 2003 schreibt doch - wenn gewünscht - alles irgendwo auf, oder? Afaik muss das Logging "schärfer" eingestellt werden, damit Dateizugriffe und Probleme mit Ordnern mitprotokolliert wird.
Ansonsten: Mir wurde mal bei undurchsichtigen Rechteproblemen am 2003 Server das Tool DumpSec empfohlen, hab´s aber nie getestet, deshalb ohne Gewähr:
http://www.somarsoft.com/
Viel Erfolg ansonsten!
Raimund