Hallo,
zunächst mal grundsätzliches: die "Version der Schlüsseldatei" ist für die Bank völlig irrelevant. Zum einen gibt es mehrere Dateiformate, in denen HBCI-Schlüssel gespeichert werden können (z.B. das RDH- bzw. RDH-2-Format, das vom SIZ spezifiziert wurde, daneben u.a. zwei HBCI4Java-interne Dateiformate, die AqBanking-Familie hat ebenfalls ein eigenes Dateiformat usw...).
Außerdem erfährt die Bank gar nicht, auf welchem Medium oder gar in welchem Format Schlüsselinformationen beim Anwender gespeichert sind - die Bank sieht nur richtig oder falsch verschlüsselte bzw. signierte Nachrichten...
Was Du bzw. Dein Betreuer meinen ist wahrscheinlich folgendes: Es gibt verschiedene "Sicherheitsprofile" bei HBCI, die jeweils festlegen, wie lang RSA-Schlüssel mindestens/höchstens sein müssen, welche konkreten Algorithmen für Hashwertbildung, Signaturbildung, Verschlüsselung verwendet werden müssen usw. Bis jetzt haben so ziemlich alle Banken, die prinzipiell mit dem RDH-Vefahren arbeiten, das Profil "RDH-1" unterstützt (Schlüssellänge 768 Bit).
Wenn Dein Betreuer nun sagt, dass eigentlich nur noch das RDH-2-Dateiformat unterstützt wird, meint er damit wahrscheinlich, dass nur noch RDH-Sicherheitsprofile >1 unterstützt werden, also in Deinem konkreten Fall wohl RDH-2 (oder RDH-10) - beides sind Sicherheitsprofile, die ebenfalls mit softwarebasierter Kryptografie arbeiten (im Gegensatz zur Verwendung einer Chipkarte), allerding mit höheren Schlüssellängen und leicht abweichenden Krypto-Algorithmen.
Sicherheitsprofile >RDH-1 gibt es erst ab FinTS-3.0. Schlüssel, die für HBCI-Versionen bis HBCI-2.2 erstellt wurden, haben mit Sicherheit das Profil RDH-1 (wie scheinbar in Deinem Fall).
Theoretisch kann man mit RDH-1-Schlüsseln auch einen HBCI-Dialog mit FinTS-3 führen. Allerdings kann es sein, dass die Bank das ihrerseits nicht zulässt (wie scheinbar in Deinem Fall).
Das heißt, Du müsstest statt dessen Schlüssel im RDH-2-Profil erzeugen. Das kann die HBCI4Java-Bibliothek, allerdings nur, wenn Du auch tatsächlich die HBCI-Version FinTS-3 verwendest. [Ein nachträgliche Umstellung des Profils von RDH-1 auf RDH-2 ist zwar im Prinzip möglich, wird aber von HBCI4Java noch nicht sauber unterstützt].
Du müsstest also so vorgehen: (1) Deinen Schlüssel bei der Bank komplett zurücksetzen lassen. (2) In Hibiscus eine neue Konfiguration mit Version "FinTS-3.0" anlegen. (3) Damit neue Schlüssel erzeugen lassen. HBCI4Java wird - sofern die Bank diese Informationen richtig liefert - feststellen, dass Deine Bank bei Verwendung von FinTS-3 auch das Sicherheitsprofil RDH-2 unterstützt wird und wird demzufolge auch RDH-2-Schlüssel erzeugen und bei der Bank einreichen.
Soweit zur Theorie

Warum Hibiscus automatisch HBCI-Version 2.1 auswählt, kann ich Dir im Moment leider auch nicht sagen - aber genau dieser Punkt scheint der Knackpunkt bei Dir zu sein. Vielleicht kann ja Olaf (der Autor von Hibiscus) weiterhelfen...
Grüße
-stefan-