sollten wirklich laufend 'sehr viele' Überweisungen anfallen achte darauf das deine zukünftige Bank
EBICS
http://www.ebics-zka.de/faq/allgemeines.htm
anbietet und beschäftige dich mit diesem Standard.
Ansonsten bist du mit FinTS
http://www.hbci-zka.de/
bestens bedient.
Beide Standards werden von diversen Programmen unterstützt, wichtig ist die Anbindung dieser Programme an das System das die Zahlungsverkehrsaufträge generiert.
'SQL-DB oder ähnliches' hilft da erstmal nicht weiter