nun, hört sich zwar hart an, aber du solltest dir ernsthaft überlegen, Windows komplett neu zu installieren. Du kannst dir nämlich nicht sicher sein, ob alles wieder in Ordnung kommt, auch beim besten Virenscanner nicht. Das der Trojaner deine Verschlüsselung angegriffen hat, deutet ja nicht auf einen Spaßvirus hin, das Teil hat es ernstlich auf deine geheimen Daten abgesehen. Etwas anderes kann ich dir guten Gewissens eigentlich nicht empfehlen, außer z.B. eine Knoppix-Boot-CD zu verwenden.
Hijackthis überprüft übrigens die Startdateien und zeigt diese in einer Auswertung an. Viren müssen ja irgendwann irgendwo beim Booten gestartet werden. Das Log kannst du dann zur Analyse auf der o.a. Internetseite hochladen. Das angenehme: Das geht wesentlich flotter als ein Virenscan und ein Programm muss nicht extra installiert werden.
Gruß
Raimund