gar nicht

Es ist ein KUNDENprotokoll, also ein Protokoll über alle Aktionen mit einer Kunden-ID. Solange Abteilung A und B eine gemeinsame haben, was für Doppelzeichnung ja auch notwendig ist, gibt es keine Lösung.
Der Bankrechner erzeugt die Protokolldatei, Sfirm kann sie nur so abrufen wie sie ist, keine Häppchen - siehe Banksystem.
Wenn Abteilung A und B nichts miteinander zu tun haben, also Unterschriftsmäßig getrennt werden können, hilft die Augteilung in 2 Kunden-IDs.