So, ich habe die Lösung gefunden, das Problem ist damit im Prinzip* behoben.
Ich habe zunächst die oben vorgeschlagene Funktion „Konto aufräumen“ verwendet. Dann habe ich geguckt, wie hoch der Fehlbetrag ist – beim Kreditkartenkonto simpel, denn nach jeder monatlichen Abrechnung muss der Saldo 0,00 € sein. Dieser Fehlbetrag war zum Glück durchgehend derselbe, d.h. es gibt offenbar nur einen Fehl-Offset, der seinen Ursprung vor sämtlichen Buchungen hat.
Dann habe ich einen beliebigen Umsatz (hier: den ältesten, in dem Fall von 2014) exportiert und die CSV-Datei dahingehend editiert, dass ich einen fiktiven Korrektur-Umsatz vor dem ältesten erstellt habe, entsprechend dem Fehlbetrag mit umgekehrtem Vorzeichen. Diesen habe ich dann importiert und nochmals das Konto „aufgeräumt“. Jetzt stimmt alles.
* „im Prinzip“ nur deshalb, weil das jetzt eher ein Hack ist, um den Gesamt-Offset zu verschieben, bis es passt.