Überweisungen spurlos verschwunden

Tja, gute Frage. Ein bekannter Bug in der Richtung existiert meines Wissens nach nicht. Daher kann ich auch keine Lösung anbieten.

Als Ursache bleiben
1) eine angeknackste Datenbank (->Reorganisation, generell mal Historie, DFÜ-Aufträge, Protokolle usw. in der Software aufräumen und/oder die Automatiken dazu konfigurieren)
2) ein unwissentlicher Bedienerfehler
3) die Zahlung wurde versandt, von der Bank abgelehnt und die Rückmeldung war unklar bzw. wurde tatsächlich entgegengenommen und später durch die Bank gelöscht.

Ja, sowas gibt es.
Die Bank kann in ihrer Rückmeldung den Status Angenommen oder auch Ausgeführt zurückliefern. Das hängt meisstens davon ab, ob die Bank Zahlungen auf bei nichtvorhandener Deckung des Kontos entgegenimmt oder nicht. Die Aussage hat also eine andere inhaltliche Qualität.

Nimmt sie beispielsweise eine Zahlung mangels Deckung trotzdem an, kann Sie die Zahlung im Nachgang löschen, muss darüber aber auf anderem Wege informieren. Genauso ist eine Verarbeitung trotz Unterdeckung des Kontos möglich, was nicht von Nachteil sein muss (Gehälter oder Miete als genehmigte Überziehung). Die Disposition wird dann nur zeitlich nach hinten verlagert und dann manuell oder automatisch nach Geldeingang vorgenommen.

Letztlich ist das der Weg, der bei z.B. beleghafter Einreichung oder jeder anderen elektronischen Einreichung im Zuge der nicht syncronen Verarbeitung generell auch gilt. Eine syncrone Verarbeitung = Echtzeit ist wenn nur bei HBCI/Internet-Banking überhaupt möglich.

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Bezüglich des Protokollproblems mit Sfirm32:
Das deutet darauf hin, das die Protokolldatenbank seht groß ist. Ich vermute das Sfirm32 nicht wirklich abstürzt, sondern nur seht lange braucht. Der Taskmanager zeigt in solchen Situationen gerne mal an, das die Anwendung nicht reagiert.
Lösungen: Protokolldatenbank reorgananisieren lassen, unnötige Protokolleinträge löschen lassen und ggfs. den Speicherzeitraum reduzieren.