NetKey mit SecureGo plus und Chipkarte sind zwei völlig voneinander unabhängige Zugänge, die problemlos parallel benutzt werden können. Du musst nur Deiner Software "beibringen", welchen Zugang sie für die auszuführenden Geschäftsvorfälle benutzen soll. Das RZ hat damit nichts zu tun.
Je nach Software kann men - ich weiß nicht ob das in Moneyplex auch möglich ist - kann man sogar getrennt einstellen, welcher Bankzugang (NetKey oder Chipkarte) für Abhol- und Sendeaufgräge genutzt werden soll. Z.B. macht es irgendwo Sinn, Umsätze mit NetKey (und in der Software gespeicherten PIN) abzuholen, Aufträge aber mit dem Chipkartenzugang zu senden, da man damit dann nicht jeden Auftrag einzeln miit einer TAN oder einer Direktfreigabe freigeben muss.